Onderzoeksprogramma COGEM
De wetenschappelijke ontwikkelingen in het werkveld van de COGEM gaan onverminderd snel door. De COGEM beschikt niet over de mankracht om - naast de vele adviezen die zij uitbrengt - alle nieuwe ontwikkelingen te kunnen monitoren. Ook moet soms bestaande wetenschappelijke kennis bijeengebracht en geïnventariseerd worden. De COGEM heeft daarom, ter ondersteuning van haar wettelijke taken, een onderzoeksbudget om externe partijen onderzoek te laten uitvoeren. Meestal betreft het deskonderzoek, maar soms ook experimenteel onderzoek.
In 2023 zijn drie onderzoeksrapporten gepubliceerd. Het rapport ‘Detection of replication competent virus formation during production and use of lenti- and gammaretroviral vectors; An inventory and description of test methods and their characteristics’ biedt een overzicht van de vele verschillende testen en methoden die gebruikt kunnen worden om replicatiecompetente retro- en lentivirale vectoren (RCV) aan te tonen. Lenti- en retrovirale vectoren worden veelvuldig gebruikt bij biomedisch onderzoek om genen in cellen in te bouwen, zowel bij laboratoriumonderzoek als bij klinische gentherapiestudies. Regelmatig wordt de COGEM om advies gevraagd naar aanleiding van verzoeken om werkzaamheden met deze vectoren op een lager veiligheidsniveau te mogen uitvoeren. Essentieel daarvoor is dat er geen replicatiecompetent virus aanwezig is. Echter het aantonen van de afwezigheid van dergelijk virus blijkt lastig. Er is onduidelijkheid welke detectiemethoden voldoen, waardoor discussie ontstaat tussen vergunningaanvragers enerzijds en de vergunningverlenende instantie anderzijds. Daarom heeft de COGEM de vele testen en methoden die gebruikt kunnen worden, in kaart laten brengen.
Een van de taken van de COGEM is te adviseren over in welke pathogeniteitsklasse micro-organismen vallen, in verband met opname van deze organismen op de classificatielijsten in de Regeling ggo. Indien een micro-organisme pathogeen is, wordt het tenminste ingedeeld in klasse 2. Van oudsher zijn er een beperkt aantal micro-organismen bekend die pathogeen zijn voor nematoden of predateren op nematoden, maar het aantal adviesvragen waarbij sprake is van micro-organismen die mogelijk pathogeen zijn voor nematoden, is stijgend. De eventuele pathogeniteit berust in deze gevallen meestal op laboratoriumexperimenten, waarvan onduidelijk is of ze representatief zijn voor daadwerkelijke pathogeniteit. In het onderzoeksrapport Pathogens of nematodes wordt een overzicht gegeven van de kennis die beschikbaar is over pathogenen van nematoden. De bekende pathogene soorten en hun infectiemechanisme en virulentiefactoren worden beschreven. Ook wordt ingegaan op de effecten die pathogenen onder natuurlijke omstandigheden op nematodenpopulaties kunnen hebben. Daarnaast gaat het rapport in op de methoden die gebruikt kunnen worden om pathogeniteit voor nematoden te onderzoeken en de gegevens die erop wijzen dat een organisme een nematodenpathogeen is.
Het derde rapport Establishment and proliferation potential of cyanobacteria; Properties that can inform the risk assessment geeft een overzicht van de eigenschappen die een rol spelen bij de verspreiding, voortplanting (‘groei’) en overleving van cyanobacteriën. De COGEM heeft deze inventarisatie laten uitvoeren, omdat ze bij adviezen over vergunningaanvragen voor (gg-) cyanobacteriën moet beoordelen of de gg-cyanobacteriën een risico zouden kunnen vormen wanneer zij in het milieu terecht zouden komen. Een belangrijke vraag hierbij is of de gg-cyanobacteriën zich in Nederland kunnen vestigen, woekeren of algenbloei kunnen veroorzaken. Gegevens hierover zijn schaars en ontbreken vaak in vergunningaanvragen. Om meer inzicht te krijgen in de eigenschappen die van belang zijn voor vestiging e.d., heeft de COGEM dit literatuuronderzoek laten uitvoeren. Naast de inventarisatie van de relevante eigenschappen, gaat het rapport ook in op de verschillende methoden die gebruikt kunnen worden om te beoordelen of gg-cyanobacteriën zich zouden kunnen voortplanten of woekeren in het milieu.
Naast de drie uitgebrachte onderzoeksrapporten, zijn er in 2023 ook een viertal onderzoeksprojecten gestart die in 2024 afgerond zullen worden. Dit betreft experimenteel onderzoek naar de kans op recombinatie tussen lentivirale vectoren en HIV, literatuuronderzoek over endogene retrovirussen (ERV’s), een inventarisatie van de ontwikkelingen rond gg- bacteriofagen, en onderzoek naar het aantal gg-producten in de winkelschappen dat is toegenomen vanwege de gestegen voedselprijzen.